隨著試管嬰兒進步的進步，第三代試管嬰兒技術已經問世。簡單來說，第三代試管嬰兒技術不僅可以幫助不孕不育夫妻順利擁有自己的孩子，還可以檢查胚胎的遺傳情況，判斷是否有遺傳病或者其他類型的疾病。下面，我們來分析下第三代試管嬰兒的弊端！
1、現代人工輔助生技術試管嬰兒，使精子失去瞭優勝劣汰競爭機會，可能將帶微缺失的Y染色體遺傳下去。容易造成流產死胎，先天畸形等缺陷。
2、如果女性身體不具備孕育條件，比如內分泌紊亂，黃體功能不全，有過流產史。即使施行試管嬰兒手術成功，也可能造成流產。
3、可能出現倫理道德問題。地下精子庫的不規范增加瞭人工授精的許多倫理問題。有些機構對精子沒有嚴格把關，精子來源不明。無法保證胎兒質量。
4、增加瞭多胎妊娠風險：多胎妊娠的孕婦並發癥多，早產發生率及圍生期死亡率高，屬高危妊娠范圍。所以醫患雙方都希望得到單胎，最多是雙胎妊娠。
5、成本效益高，即獲得每一個後代的成本高：做一次人工受孕需要2～3萬人民幣，受孕率15﹪。多次的話，受孕率能提高至37%左右，甚至更高。
6、對女性生理的幹擾較大。刺激排卵導致卵巢反應低下，易出現於卵巢功能早衰，年輕女性於40歲以前閉經、卵巢不敏感綜合征。卵巢過度刺激綜合征：血液濃縮血容量減少、少尿、腹水、胸水、電解質紊亂、高凝狀態、肝腎功能損害、血栓形成、成人呼吸窘迫綜合征，甚至死亡。發生率為0.6%～14%。
7、通過人工受精制造的試管嬰兒比自然受精得來的嬰兒出生時罹患腦癱的幾率高3倍。